ایشان در این دیدار که در 7 آبان 86 اندکی پس از رحلت این عالم بزرگ صورت گرفت فرمودند: "مرحوم آقای مشکینی مصداق کامل این حدیث بودند که؛ اذا مات العالم الفقیه ثلم فی الاسلام ثلمه لا یسد ها شیء. واقعاً یکی از آن مصادیق کامل این روایت، ایشان بودند. بزرگانی هستند که میروند و جایشان خالی میماند و انسان متأسف میشود".
علی اکبر فیض آلنی (از توابع شهر خیاو اردبیل) مشهور به آیتالله علی مشکینی، در دهه ۱۳۴۰ به همراه سید محمد بهشتی، مهدی حائری تهرانی و حسین حقانی بنای مدرسه علمیه حقانی قم را با هدف تحول در نظام آموزشی حوزه و کادر سازی برای فعالیتهای آینده آن در قم به یادگار گذاشتند.
تدریس در مدرسه حقانی، زندگی ساده و تزکیه نفس، مبارزات و تبعیدهای طولانی، از ایشان شخصیتی ساخت که مورد وثوق بنیانگذار جمهوری اسلامی بود و به عنوان نخستین رئیس مجلس خبرگان رهبری از زمان تأسیس آن در سال ۱۳۶۱ تا پایان عمر خود و رئیس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و امام جمعه دائم قم ماند.
زندگي آيت الله مشكينی سرشار از مبارزات و تلاشهای سياسی برای احقاق حكومت اسلامی است؛ او از نخستين افرادی بود كه به نهضت امام خمينی(ره) پيوست.
ایشان در زندگی نامه ای که به قلم خود مرقوم داشته، اینطور بیان میکند: "در خانه پدری در روستای خود به دیدار ارحام نائل آمدم اما طولی نکشید که از سوی ماموران امنیتی بازداشت و به ساواک قم تحویل داده شدم، از آن جا چند ساعتی مرا به شهربانی بردند و پس از سوالاتی برگه رسمی تبعید را ابلاغ و به سوی ماهان کرمان روانهام کردند".
جالب اینجاست که آیت الله مشکینی مدت یک سال در آنجا تحت مراقبت بودند و با وجود تمام فشارها و مراقبتها، نماز جمعه را اقامه میکرد.
بعد از مدتی اجتماع پیرامون ایشان افزایش یافت و ساواک کرمان گزارشی را تهیه کرد و به مرکز کشور فرستاد، بعد از گذشت چند روز توسط پاسگاه احضار و به کرمان فرستاده و از آن جا به گلپایگان تبعید شد در حالی که خانوادهاش همچنان در ماهان کرمان بود.
ایشان ادامه میهد: "یک سال دوباره محکوم به تغییر محل شدم و به صورت ناگهانی مرا به شهرستان کاشمر منتقل کردند و یک سال هم در آنجا تحت مراقبت شدیدتر از پیش قرار گرفتم".
رئیس فقید مجلس خبرگان از جمله شخصیتهایی بود که در راه انقلاب از هیچ چیز دریغ نکرد. ایشان وقتی از جدا کردن فرزندشان که مورد اغفال گروهکهای ضدانقلاب واقع شده بود، نا امید شد، فرزندش را به دستگاه عدالت سپرد که نهایتاً منجر به اعدام وی شد.
آيةالله مشكينی در سالهای عمر خود، علاوه بر مسئولیتهای سیاسی، فعالیتهای بسياری را به انجام رساند. بسياری از استادان و علمای امروز از شاگردان معظم له به شمار میآيند كه در درسهای وی شركت داشتهاند.
ایشان که سالها به تدريس خارج فقه و اصول اشتغال داشت، درس تفسيرش از دروس مشهور حوزه علميه قم بود.
فعالیتهای مهم علمی و فرهنگی ایشان هم فصل جدیدی را در حوزه عملیه قم رقم زد؛ تأسيس مؤسسه الهادی كه به چاپ كتب مفيد و اسلامی برای سطوح گوناگون جامعه ميپردازد و مردم را با حقايق و معارف اسلامي آشنا میسازد و نيز کتابهای فراوان در زمينههای گوناگون علوم اسلامی که تأليف و منتشر ساختهاند از جمله خدمات ایشان است.
آیت الله مشکینی که به بیماری خونی مزمنی دچار بودند، پس از طی دوره طولانی بیماری، سرانجام عصر روز دوشنبه ۸ مرداد ۱۳۸۶ درگذشت و پس از اقامه نماز توسط آیت الله العظمی مکارم شیرازی در کنار مرقد مطهر حضرت معصومه (س) در مسجد بالا سر به خاک سپرده شد.
سالروز برگزاری اولین نماز جمعه در جمهوری اسلامی به امامت مرحوم آیت الله طالقانی(ره) و سالروز شهادت امام جعفر صادق(ع) با نهمین سالگرد رحلت فقیه مجاهد و پارسایی همزمان شده است که میگفت: "یکی از اهداف مهمی که انسان وارد تحصیل میشود، برای آن به حوزهها میآید، جزء سربازان حضرت بقیة الله میشود و وارد مدرسه امام باقر(ع) و امام صادق (ع) میشود، توجه به نفس و شناختن خویشتن است.
انسان خود را بشناسد و پیدا کند آن حقیقت مرموزی که در این جسم به ودیعت گذاشته شده و آن نوری که به نام روح نامیده میشود و من عندالله است".